Estructura de codificación

Especificaciones y tecnicismo

octubre, 2024

Clave Talla-Edad

Sección de código ADMB para implementar los supuestos en el crecimiento individual.

admb.growth

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FUNCTION Eval_prob_talla_edad
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 int i, j;
 Linf = mfexp(log_Linfprior);
 k    = mfexp(log_kprior);
 Lo   = mfexp(log_Lo);

   mu_edad(1) = Lo;
   for (i=2;i<=nedades;i++){
   mu_edad(i) = mu_edad(i-1)*mfexp(-k)+Linf*(1-mfexp(-k));} //Shnute y Fornier 1980
   sigma_edad = mfexp(log_alfa)+mfexp(log_beta)*mu_edad;
   Prob_talla = ALK( mu_edad, sigma_edad, Tallas);

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FUNCTION dvar_matrix ALK(dvar_vector& mu, dvar_vector& sig, dvector& x)
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    //RETURN_ARRAYS_INCREMENT();
    int i, j;
    dvariable z1;
    dvariable z2;
    int si,ni; si=mu.indexmin(); ni=mu.indexmax();
    int sj,nj; sj=x.indexmin(); nj=x.indexmax();
    dvar_matrix pdf(si,ni,sj,nj);
    pdf.initialize();
    double xs=0.5*(x[sj+1]-x[sj]);
    for(i=si;i<=ni;i++) //loop over ages
    {
         for(j=sj;j<=nj;j++) //loop over length bins
        {
            z1=((x(j)-xs)-mu(i))/sig(i);
            z2=((x(j)+xs)-mu(i))/sig(i);
            pdf(i,j)=cumd_norm(z2)-cumd_norm(z1);
        }//end nbins
        pdf(i)/=sum(pdf(i));
    }//end nage
    return(pdf);

Relación stock-recluta

Sección de código ADMB para implementar los supuestos en el crecimiento individual.

stock.recruitment

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// Relacion Stock-Recluta
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 h = mfexp(log_h_prior);

 if(opt_Reclu==1) //ByHolt
 {
 alfa = 4*h*mfexp(log_Ro)/(5*h-1);//
 beta = (1-h)*SSBo/(5*h-1);
 }

 if(opt_Reclu==2) // Ricker
 {
 alfa = 1.25*log(5*h)-log(phi);
 beta = 1.25*log(5*h)/SSBo;
 }